生物菌剂对植物多种病害之所以具有生物防治作用，主要原因是竞争、拮抗和诱导抗性等3个方面。
一、竞争作用
竞争作用是生防微生物发挥作用的重要机制之一。竞争主要包括有营养竞争和位点竞争。其中，营养竞争只在少数菌株中发现，如枯草芽孢杆菌中有些菌株通过产生一种铁载体与植物病原菌竞争铁元素，从而抑制病原菌的生，而使枯草芽孢杆菌占据一定的生态位(Shoda，2000)。
二、拮抗作用
拮抗作用主要是指微生物通过生物合成产生多种抗菌物质抑制有害病原菌的生长或直接将病原菌杀灭。这些抗菌物质包括有抗菌肽、脂肽类、降解酶、非糖类抗生素、大环内酯类及多烯类等。
三、诱导植物抗性作用
芽孢杆菌还能通过诱发植物自身的抗病机制从而增强植物的抗病性能，这是生防菌发挥生物防治作用的一个重要方面。http://www.jmt007.com/
除上述3方面的生物防治机制外，1998年还发现枯草芽孢杆菌能通过促进植物根系和植株生长而间接地增强植物的抗病能力。例如，Kilian( 2000)发现枯草芽孢杆菌FZB24(r)菌株的液态培养物中含有植物生长素、细胞分裂素、玉米素、脱落酸和赤霉素等，对萝卜、小麦根部处理或叶面喷施均能起到很好的促生长作用，经该菌株处理过的大头菜根系比没有处理的发达得多。
