盐碱地施用复合微生物肥料和生物有机肥的好处：盐碱地土壤常见有机质含量低，土壤理化性质差，对阴作物生长有害，阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。
复合微生物肥料和生物有机肥料的施用可以提高土壤肥力，改善土壤结构，降低毛管水分运动速度和水分蒸发量，明显抑制盐分返回。复合微生物肥和生物有机肥的施用还可以提高土壤有效钙含量，而微生物分解有机物产生的有机酸也可以活化土壤吸附钙，增强钠吸附土壤置换，导致海水淡化。在复合微生物肥和生物有机肥的作用下，盐碱地有害离子含量和pH值显着下降，土壤缓冲能力增强，作物盐碱度提高。
盐碱不易生苗，施肥的一般原则是施用复合微生物肥和生物有机肥，适当控制化肥施用量。 施用基肥时应多施有机物，有机肥含量高，减少化肥用量，尽量不要接近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。 根据情况进行追肥，及时避免过量。 在条件允许的情况下，可以广泛采用秸秆还田，种植耐盐碱绿肥，减少盐分对农作物的危害。
粘土地施用复合微生物肥料和生物有机肥的好处：粘土一般含有有机和无机胶体，土壤养分保持能力强，养分流失不容易。但粘土用肥慢，化肥也有效缓慢，土壤上的“发苗不发苗”，缓效肥，土压实，渗透性差，发根问题。这种复合微生物肥料和生物有机肥的土壤施用，通过富含有机质和有益微生物的活动，改善土壤团粒结构，增加渗透性，提高肥水保水能力。这种土壤阴性的性质，如使用少量不分解的马粪用复合微生物肥和生物有机肥，效果会更好。
粘土肥料的能力，肥料应结合微生物肥料和生物有机肥料的应用。单独使用肥料，如果多施用一次，尤其是氮肥多，养分流失不易损失，后期充分发挥肥料，容易导致作物晚绽，造成病虫害，减产。
砂土地也能用复合微生物肥料和生物有机肥：沙质土壤一般有机质，营养含量少，肥力低，育肥能力差。但是，施肥后，沙粒肥效和速效性好。这种土壤“送幼苗，不老苗”，效果凶猛短暂，无后劲。
沙地土地要大量生物有机肥，增加土壤有机质含量，提高肥效。由于沙质曝气良好，土壤温暖，有机质容易分解，未完全成熟的有机肥或牛粪等冷肥施用比粘土影响较小。条件是可以种植瘠薄的绿肥，以改善土壤的理化性质。
沙子施肥，用量不能太多，否则容易导致“烧苗”或营养成分大量流失。因此，化肥在沙土中的施用必须与复合微生物肥料，生物有机肥料或其他有机肥料结合使用，少量少量施用，即“少吃饭”，提高肥效，减少营养损失。
复合微生物肥，含有多种功能性微生物的生物有机肥进入土壤，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能促进土壤团聚体结构的形成。集料结构的形成使得土壤松软，水肥肥效提高，水，气，热更协调，减少了土壤的紧实度，有利于水肥，通风，促进根系发育，提供了舒适的环境作物生长。土壤理化性质改善和增强土壤有益微生物活动，从而最大限度地分解和转化有机物质，产生各种营养物质和刺激物，从而刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终增加生产目的。另外，功能性微生物形成作物根部周围的优势种群，抑制或拮抗有害病原体的生长繁殖，降低作物病害程度，从而提高产量。
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