复合微生物肥料具有三大优点：一是适用品种多、、市场需求大。二是生产成本低，应用效果好。三是生产安全，不会导致环境污染，它的开发与应用，是生产绿色食品和实现绿色农业目标的技术保障。绿色食品一般是无污染的安全、优质、营养类食品的统称。就蔬菜而言，为了达到绿色食品的标准，在施肥技术上要求从有机肥提高土壤肥力水平为基础，插入豆科作物以提高土壤含氮量，减少化学氮肥用量；严格掌握氮肥追肥时间，控制蔬菜体内硝酸盐含量。因此，复合微生物肥料完全符合生产绿色蔬菜绿色农作物的标准。
由于有机食品在作物种植过程中和动物养殖过程中完全不能使用化肥、农药，不能浇灌自来水。在种植期间还有一定时期的转换期。例如转换期定为3年，在3年之中虽然不使用化肥农药，但土壤中尚有残存的化肥农药，因此收获的农产品还不是有机农产品；有机食品也不能使用；基因等生物手段；有机食品的认证也要投入，因此有机品是高投入低产出的食品。随着工业化和城市化进程的加快，环境保护和食品安全形势日趋严重，我国国情要求须高产农业和生态农业兼顾，食品数量、质量和食品安全兼管。有机食品只能是极少量的，大量生产绿色食品和无公害食品，杜绝生产不合格食品。复合微生物肥料因含有化肥不能用于有机农产品的生产，但在绿色食品和无公害食品生产中、非食品农产品生产中，为了高产农业和生态农业兼顾，应该有机肥、化肥、微生物肥料三管齐下，因此复合微生物肥料是适合我国走生态农业道路同时兼顾高产高效的优质肥料。复合微生物肥料中的有机肥以畜禽粪便为主要原料进行发酵，复合微生物肥料用于种植业，因此，以养殖业为上游，种植业为下游，承上启下，在生态农业链中到了激活作用，是适合我国国情的具有综合优势的优质肥料。
完全不施用化肥的有机农业不适合当前我国国情。有机农业强调施用有机肥料而不施化肥，其结果必然是产量低而投人大。实现有机农业必须有发达的畜牧业，才能提供大量的有机肥料。因而它不能解决我国由于人口增加、耕地减少与对粮食等农作物需求增长之间的矛盾。也就是说，有机农业生产有机食品的显著特点是作物产量低，因而解决不了我国13亿多人口吃饱的大问题，所以有机农业不适合我国国情。在奥地利那样的发达国家，有机农业生产有机食品也只占食品总量的百分之十几，位列欧盟前根据我国的国情，有机农业生产有机食品只能是极少数，我国不能将有机农业和生态农业划等号。复合微生物肥料含有化肥，因此不适合生产有机食品，但完全符合生产绿色食品和无公害食品。根据我国生态农业的定义和国情，复合微生物肥料、有机肥料、生物有机肥和有机无机复混肥在我国的生态农业发展中都起到了重要作用。从广义上讲，上述肥料都含有有机肥料，因此都纳入有机肥料范畴。宁波市等地方政府有关部门已将上述几种肥料都纳入有机肥料补贴范围。
