生物肥料，也被称为微生物肥料，是指对农业有益并且通过生物发酵生产的生物制剂。 它是生产绿色食品的重要原料。 生物肥料在提高肥力，利用化肥，抑制农作物吸收硝态氮，重金属和农药，净化和修复土壤，减少作物病害，提高作物产品质量和食品安全方面显示了不可替代的作用。生物肥料是含有大量有益微生物的肥料，并且基于这些微生物的生物化学作用来改善作物营养和生长条件。 有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮），解磷细菌（活性土壤中不溶磷），释钾细菌（又称硅酸盐细菌，土壤中矿质钾的分解释放），抗生素如5406 （能够抑制或杀死有害真菌和细菌，刺激作物生长并激活土壤不溶性磷和酶细菌（促进有机转化）。真菌肥料的实际肥效通常也与微生物生活的基质有关微生物肥料的主要类型是农业细菌剂，复合微生物肥料和有机有机肥料。
化肥的推广在提高中国农业生产和收入方面发挥了关键作用。但长期单一施用化肥导致生态环境，土壤理化性质和土壤微生物群落受到不同程度的破坏，在一定程度上对农业造成了污染产品，降低土壤肥力，并影响土壤微生物和酶活性。农作物产量和质量下降，农产品难以满足绿色食品的要求。目前，适合生产无公害绿色食品的生物有机肥受到广泛关注。生物有机肥是指具有微生物功能的肥料和通过特定功能性微生物和家畜粪肥，农作物秸秆等的组合使用而产生的无害分解的肥料。因此，它结合了有机肥料和生物肥料的优点，不仅有利于增产增收，而且有利于土壤施肥，改善土壤微生态系统，减少无机肥料用量，改善提高农产品质量。
我们以青皮冬瓜作为实验，施用生物肥后，茎粗，叶片大小，果重和商品率均高于农家肥和化肥。 茎粗增加0.15〜0.39 cm，果肉厚度增加0.6〜1.4 cm，果重增加0.72〜2.94公斤，商品率上升2.4％〜5.2％。
施用生物肥的产量比农家肥高出7.9％，比单一化肥多出20％，比农家肥多20.7％。这表明生物肥料中的有效养分可以转化为速效养分，从而提高肥料的利用率，满足甜瓜种植肥料的需求。
生物肥料分类：
生物肥料按微生物的种类划分为:根瘤菌、固氮菌、芽孢杆菌、光合细菌、纤维素分解菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌和真菌。其中以根瘤菌的研究最深入、应用最广泛。当前我国生产上使用的菌种主要为根瘤菌、固氮菌、解钾菌等, 主要的生物肥料品种有根瘤菌肥料、固氮菌肥料、解磷菌肥料、硅酸盐细菌肥料等。
2016年，中国化肥使用量约为6076.6万吨，占全球化肥施用总量的三分之一。 单位面积化肥施用量居世界首位。 目前，中国已经达到生态环境极限，生物肥料等新型肥料迫切需要。 替代化肥，缓解资源过度消耗和过度环境破坏的严重后果。 中国化肥利用率仍然很低。 其中氮肥利用率为30％，磷肥利用率为20％，钾肥利用率为50％。 长期施用磷肥导致的土壤压实和盐化现象非常普遍。 发展生物肥料是农业可持续发展的必然选择。
