生物有机肥是一种兼有微生物和有机肥效应的产品。 它含有功能性微生物和一定量的有机物质和营养物质。生物有机肥是指以动植物残体（如畜禽粪肥，农作物秸秆等）为主要成分的特定功能微生物与有机物质的组合，以无害化方式处理和分解有机物质。
有机质含量：有机肥有机质含量要求(≥45%)生物有机肥有机质要求(≥40%)其都对有机质的含量做了明确的规定，而微生物菌剂则没有明确规定。
有效活菌数：生物有机肥(2000万个/克)和微生物菌剂对有效活菌数做了明确规定，微生物菌剂的数量要求更高，而有机肥因为生产过程中没有特别要求添加功能微生物，故没有要求。
有效期：生物有机肥和微生物菌剂规定了明确的有效期，主要原因是产品中添加的功能微生物具有特定的有效时间，如果微生物失活，将不具备或降低相应产品具有的功能和效果。
生物有机肥执行标准：中华人民共和国农业行业标准（NY 884—2004）
生物有机肥技术指标：
| 有机质质量分数 | 有效活菌数（ofu）亿/g或亿ML | 水分（%） | pH | 有效期（月） |
|---|---|---|---|---|
| 大于等于40 | 大于等于0.20 | 小于等于30 | 5.5-8.5 | 大于6个月 |
生物有机肥要求：
所使用的微生物菌应该是安全有效的，具有明确的来源和物种名称。外观：粉状产品应松散，无异味; 颗粒状产品应无明显杂质，尺寸均匀，无腐蚀。
